為紀(jì)念南開(kāi)系列學(xué)校百年校慶，2004年10月17日南開(kāi)大學(xué)啟用了新的校徽。
南開(kāi)大學(xué)校徽的核心圖像為八角形，它既是南開(kāi)大學(xué)校標(biāo)的原始形態(tài)，也是其核心形態(tài)。八角星形由兩個(gè)正方形疊加、結(jié)合而成，八個(gè)角皆為直角，分別指向東、西、南、北、東南、東北、西南、西北八個(gè)方向。一是體現(xiàn)“方方正正做人”之意，二是體現(xiàn)南開(kāi)人“面向四面八方，胸懷博大，廣納新知，銳意進(jìn)取”之精神。八角星形方圓互動(dòng)，融合東西，體現(xiàn)了南開(kāi)大學(xué)“智圓行方”的入世哲學(xué)、“追求卓越”的立世哲學(xué)和“允公允能”的濟(jì)世哲學(xué)。
校徽中的“南開(kāi)”二字凝練厚重，而弧形排列的“NANKAI UNIVERSITY”簡(jiǎn)約明快，表征了南開(kāi)大學(xué)是一所歷史悠久、面向世界的東方學(xué)府，圖標(biāo)下部以“1919”具體說(shuō)明南開(kāi)大學(xué)的創(chuàng)建時(shí)間。
校徽顏色的產(chǎn)生要追溯到1917年。當(dāng)時(shí)，南開(kāi)中學(xué)已經(jīng)成立，而南開(kāi)大學(xué)的建立尚在籌劃之中。張伯苓先生為了創(chuàng)辦南開(kāi)大學(xué)到美國(guó)進(jìn)修和考察。臨行前他將南開(kāi)中學(xué)校長(zhǎng)的職務(wù)委托給他的弟弟、南開(kāi)中學(xué)教師張彭春代理。當(dāng)年9月22日，天津南運(yùn)河決口，洪水涌進(jìn)南開(kāi)中學(xué)，水深近兩米，情況十分危急。在張彭春的指揮下，教師們護(hù)送全體學(xué)生緊急轉(zhuǎn)移至安全地帶。10月，全校又遷入河北政法學(xué)校借校上課。這場(chǎng)突如其來(lái)的天災(zāi)，對(duì)那些當(dāng)時(shí)年僅十幾歲的中學(xué)生來(lái)說(shuō)，是一次艱苦的磨煉。由于床位緊張，他們只能住在臨時(shí)騰出的宿舍里，一個(gè)鋪挨一個(gè)鋪，擠得像沙丁魚(yú)。因?yàn)樗疄?zāi)導(dǎo)致糧食奇缺，正在長(zhǎng)身體的學(xué)生們只能喝粥充饑。為了區(qū)別于其他學(xué)校學(xué)生，每名南開(kāi)中學(xué)的學(xué)生胸前都佩戴一枚紙制的紫白色相間臨時(shí)校徽。紫色是南開(kāi)校色（寓意“紫氣東來(lái)”），正是這枚紫白校徽，使學(xué)生們牢記自己是南開(kāi)人。后經(jīng)搶險(xiǎn)救災(zāi)，南開(kāi)中學(xué)的校舍得以恢復(fù)使用。以后每年９月23日晚上，學(xué)校都要在飯廳里舉行一次“水災(zāi)紀(jì)念會(huì)”。全體學(xué)生坐在飯桌前喝粥紀(jì)念，而且胸前都佩戴印有“南開(kāi)”二字的紫白色卡片，同當(dāng)年那個(gè)紙制校徽一樣，只是下面加印了一行小字：“民國(guó)六年水災(zāi)紀(jì)念”。這就是南開(kāi)校徽顏色的由來(lái)。
這是南開(kāi)大學(xué)最早的校徽，呈盾牌形狀，仍然沿襲了紫白相間的主色調(diào)。在紫色背景下，用反白色漢字從右向左分兩行寫著“南開(kāi)”、“大學(xué)”，兩行漢字之間白色條形區(qū)域中，是紫色的、從左向右排列的“NANKAI”。三行文字皆向右上方傾斜。
南開(kāi)大學(xué)后來(lái)改用下圖顯示的圓形校徽，但是具體更改時(shí)間和原因還沒(méi)有查到。
圓形校徽中核心內(nèi)容為八角星圖案和嵌于其中的“南開(kāi)”二字，校徽外圓的上半部分是南開(kāi)大學(xué)的英文名稱，下半部分是南開(kāi)大學(xué)所在城市——天津的英文名稱。2004年校慶之前，一直使用這個(gè)校徽。
為紀(jì)念南開(kāi)系列學(xué)校百年校慶，南開(kāi)大學(xué)自2004年10月17日開(kāi)始啟用新校徽，就是上面展示的第一
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